Las cuencas hidrográficas más importantes están formadas por los ríos Cihuatlán y Coahuayana, que sirven de límite con los Estados de Jalisco y Michoacán respectivamente, y el río Armería que nace en Jalisco y recorre cerca de 294 kilómetros hasta llegar a Boca de Pascuales en el Municipio de Tecomán.

Todas las corrientes desembocan en tres cuencas que vierten sus aguas en el océano Pacífico: La de los ríos Marabasco - Minatitlán, Armería y Coahuayana - El Naranjo, este último con el río Salado como afluente.

Las lagunas de Cuyutlán, Alcuzahue y Amela, principales en el Estado, se encuentran en la zona costera en los municipios de Manzanillo, Armería y Tecomán.

En las inmediaciones del Volcán de Fuego se encuentran La María, Carrizalillo, El Jabalí y El Calabozo, consideradas como las lagunas más hermosas y con mayor atractivo turístico de la entidad.